本作のタイトルにも入っている「蟲」(むし)は作者の創作であり、我々が一般的に知っているいわゆる「昆虫」などの小動物の総称としての「虫」とは異なる。「蟲」とは、現実世界の概念では精霊や幽霊や妖怪などにあたる生物で、作者はいろいろな怪異を、普通の人には見えないさまざまな「蟲」の生命の営みから起こる現象とし、霊能力者を「蟲師(CV: 下崎紘史)」(むしし)という「蟲」専門の医者かつ研究者、退治者とすることで、これまでに存在した怪談や霊現象を取り扱った物語とは異なったストーリーを創り出している(ただし作中世界においても幽霊等の概念は存在する)。
時代設定については、作者自身特に設定はされていないそうだが、イメージは「鎖国を続けた日本」、もしくは「江戸期と明治期の間にある架空の時代」とのこと。ゆえに作中においては、登場人物は主人公を除いてほとんどと言っても良いほど多くが和装をしており、登場する風景も日本の原風景を思い起こさせるようなノスタルジックなものとなっている。
物語の語り(CV: 土井美加)方として、必ず人物の回想を用いる点が特徴的である。しばしば、回想の中の人物がさらに回想を始めるといった二重の回想まで行われている。そのため、ギンコ(CV: 中野裕斗)が行動する時間や行動範囲に収まらず、伝聞による時間・世界も描かれている。
本作は、「蟲師」である主人公ギンコが「蟲」により引き起こされる様々な謎を解き明かしていく物語であり、基本的に1話完結で物語が構成されている。巻頭カラーページが非常に多く、コミックス収録の話全てがカラーページで載っている巻もある。