西暦2000年9月13日、南極に大質量隕石が落下して起こったセカンドインパクトにより、世界の半数の人口を失う。
時は、セカンドインパクトから15年後の西暦2015年。14歳の少年碇シンジ(CV: 緒方恵美)は、汎用人型決戦兵器 人造人間エヴァンゲリオン (EVA) のパイロットとして、国連直属の非公開組織である特務機関NERV(ネルフ)の総司令であり、父親の碇ゲンドウ(CV: 立木文彦)に選任される。ゲンドウは、NERVが秘密裏にすすめる「人類補完計画」の陰謀の責任者でもあった。
父・ゲンドウは、シンジに、EVA初号機に乗って使徒と呼ばれる正体不明の生命体と戦うよう命令する。
自分がEVAに乗ることを拒否すれば、大怪我を負った14歳の少女(綾波レイ(CV: 林原めぐみ))が代わりにEVAに乗って戦わねばならない。シンジはゲンドウが自分を呼んだ理由を知り、ショックを受けるが、少女のためにもEVAに乗ることを決意する。
そして、14歳の選ばれし少年少女が世界の命運を託され、次々と襲来する謎の生命体である使徒を殲滅する戦いが始まる。しかし、その戦いはあまりにも過酷なものであり、シンジをはじめ、選ばれしパイロットたちは、精神的に極度の葛藤を強いられ、苦悩するのだった。