スタッフは前作の『S.A.C.』とほぼ同じであるが、ストーリーコンセプトに押井守が参加している。
後半は内閣情報庁の情報操作や工作活動によって国民の難民への不信感と反発がさらに増し、その結果として生じた招慰難民の一斉武装蜂起、クゼ(CV: 小山力也)による「革命」や自衛軍による出島総攻撃、米帝による出島への核攻撃などが描かれる。
2006年には「個別の11人事件」を描いたエピソードを約160分にまとめた『攻殻機動隊STAND ALONE COMPLEX Individual Eleven』が制作され、DVDでリリースされた。