かつての戦乱の時代…。伝説の刀鍛冶「四季崎記紀(CV: 森功至)」の作った千本の刀の数こそが、戦局を大きく左右したという。幕府により国が統一されはしたが、幕府は四季崎の刀を恐れ「刀狩」を行い、988本までも収集した。しかし、残り12本こそが、988本を試験台にした完成形変体刀であることが判明する。
刀を使わない剣術「虚刀流」の七代目当主である鑢七花(CV: くまいもとこ)(CV: 細谷佳正)は、姉の七実とともに不承島で暮らしていた。しかし、そんな平穏な島に、変体刀の収集を幕府から命じられた奇策士とがめ(CV: 田村ゆかり)が、幼少時に親を殺害した敵であるはずの虚刀流当主の力を雇うために訪れる。しかし、とがめは敵からの追跡を受けており、とがめの「金や名誉や倒幕などのためでなく、愛のために戦う剣士を雇いたい」との言葉により、完成形変体刀十二本を集める旅に出ることになる。